1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
一半是人，一半是猩猩的新英雄！猩猩人和恐怖分子展開激烈衝突！！恐怖組織「動物解放同盟（ALA）」攻擊生物科學研究所時，救了懷孕的黑猩猩，這隻黑猩猩產下了半人半猩猩的「猩猩人」查理。15年後，查理在人類雙親的扶養下，進入高中就讀，認識了人類女孩露西。另一方面，ALA的所作所為越來越激烈，甚至計畫要查理加入他們！
