为了夺取主人公等所在的宫国所持有的珍贵引擎，邻国开始了日益激烈的侵略。为了迎击敌国，宫国被迫将仪式用复座式飞行艇“Simoun”改造成了战斗用战舰。还需要未性别化的“巫女”被派遣担任驾驶员，于是，她们成为了被称为“coru”的战斗小队成员。 操纵“Simoun”的少数少女被称为了“Simoun·シヴュラ（西贝拉）”因为拥有着特殊能力，她们可以选择自己成为大人的时间。但是因为战争的爆发，她们的优秀才能不得不运用在“Simoun”的操作上，换句话说，她们被强迫保持在了“少女阶段”……
故事发生在第二次世界大战爆发几天后的东部战线，纳粹德军的党卫队司令官Martin Linz意图唤醒出十二世纪东征十字军的超能力部队，并组成幽灵军团来攻占苏联。片中的五位年轻主角Nadya、Leo、Zena、Marat、Valya是在苏联军队中接受了手术改造的异能士兵，而他们的任务即是尽全力消灭这批幽灵兵团，以击败纳粹司令官的野心。
《Kizuna no Allele》叙述如陨星般在网络世界中出场，知名度疯涨的超级偶像「绊爱」，连续五年得到「Virtual Grid Award」较大殊荣「金兔奖」后忽然大众的视野里消退。 随着时间的推移，美少女「Miracle」怀抱着对绊爱的向往而来到塑造虚似专业人才「Aden 学院」，和同伴们一起向着理想前行，渡过归属于他们的学院岁月。
