在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
故事发生在水果世界之中。曾经，这里笼罩在宁静和祥和的氛围之下，直到有一天，守护着这个世界的七彩莲花被偷走了，噩梦开始了。邪恶的老板霸占了七彩花果山，在那里建造了一间水果加工厂，老板手下有着邪恶的四名爪牙，他们分别是天下无贼（李团 配音）、乱臣贼子（赵然 配音）、认贼作父和贼眉鼠眼（鞠月斌 饰）。每当工厂需要生产果汁时，四人便会触动抓来水果村的村民们将它们作为原料。 英雄（赵然 配音）和无极（陈铁 配音）是果冻学园里两位德高望重的师父，他们深入敌后想要制服老板，却反而落入了陷阱之中。橙留香（陆双 配音）、菠萝吹雪（祖晴 配音）和陆小果（王巍 配音）三剑客为了拯救师父而踏上了旅途。
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现代头等杀手楚子乔意外殒命，穿越成大将军嫡女，却受姨娘、庶妹欺负？这怎么行，于是乎扮猪吃老虎，换个世界也照样为自己讨回公道！未婚夫被庶妹抢了？是我的就是我的，即使不是我的，也轮不到你！硬是塞给她一个病秧子？没关系，她可以保护他，但是，谁来告诉她，这个腹黑狡诈的男人是怎么回事？
刘枫意外的拥有来回穿越异界的能力，还拥有一个内空间，当起两个世界的了二道贩子。当他用地球上的玻璃杯，在异界买下一座城池后，他开始在异界当起了城主的贵族生活。这是一个冷兵器又奇妙的异界，在地球上没见过的猫耳娘，狐耳娘，兔耳娘，精灵公主……在异界这里，刘枫随时可以看到。
死抵抗，但寡不敌众，尽数牺牲，唯余次女唐瑛幸存。让唐瑛更悲愤的是，父亲为国捐躯，换来的却是通敌罪名。为替父昭雪，唐瑛毅闯京都，但却发现事情远没有想象的那么简单。为质十数载的大齐国二皇子元阆与北夷是否有牵连？冒充自己的女子相貌为何离奇的相似？影部姚娘口中的异世人又是怎么回事？还有那神经质般出现的既陌生又熟悉的回忆．.．太多的谜团等着唐瑛去解答。
天赋平平的宣起，原本只是个神通榜上没有排名的神通者，人生理想只是在这一方天地中，安全第一地苟到最后。然而一次外出，他恰好撞见倾城女帝和上古魔物的激战，遭受池鱼之殃。危急时刻，宣起竟然开启了“天秀”系统，获得了“只要展现绝世高手风范，就能不断获得仰望值”的能力。此后，宣起误打误撞，不得不以“神皇转世”的身份登场，看似轻而易举地斩杀上古魔物，更连续击败异魔道高手，从此一朝成名天下知，受到整个大胜神州的敬仰。更神奇的是，他的一言一行总是被误会成大有深意，无数神通者视他若神明，而他也被异魔道当成了心腹大患。
