本片在叙事结构上不同于常规的青春爱情片，平行讲述了三对不同年代情侣的爱情故事，而一间失恋杂货铺将看似毫无交集的三代人联系在了一起，在时空转换和穿插叙事中，展现了文革以来各代国民的恋爱风貌。
千年水妖仙仙为报书生常白山的救命之恩，发下誓言要陪伴书生常白山走过99道轮回；仙仙在长白山天池旁经营“仙仙客栈”苦守前世爱人，令人惋惜的是，每一道轮回都因“二货捉妖道士”燕小侠的频繁搅局而不得善终；在第99道轮回的时候，转过百世的常白山已成为一家百年参户老店的传人，带着兄弟二虎在长白山深山老林中挖人参的时候与仙仙、燕小侠再一次相遇，四人之间展开了一段又一段错综复杂的情感纠葛，一次次的误会让仙仙和常白山再一次分开……最后仙仙化作一缕青烟消失在人间。
