第二部里，张大勇（陶大宇饰）与李忠义这对默契排档继续与狡猾凶狠的罪犯斗智斗勇。感情方面，大勇与高婕（郭可盈饰）成为斗嘴情侣，感情稳定增长。新来的女警员蓝嘉文（郭霭明饰）单纯善良，暗恋大勇并主动示爱。令大勇和高婕的问题出现新的危机。此时，高婕发现嘉文过去曾在外国因为三角恋而放火杀人，正当要揭发这一段过去时，高婕的朋友离奇被杀。嘉文对过去的矢口否认也不像假装，大勇与高婕的误会加剧，事情的真相扑朔迷离。
在五年级之前，周书逸（杨宇腾 饰）并不算长的人生可谓是顺风顺水，无论是在任何的考试或者比赛中，他总是能够顺利的拔得头筹。然而，当那个名叫高仕德（林子闳 饰）的男生出现在周书逸的生命里后，一切都改变了，各大排名榜单上，高仕德的名字总是在周书逸之上，更让周书逸感到难受的是，高仕德仿佛阴魂不散一般的，似乎总是会在自己的视野里出现。 终于，周书逸熬完了高仕德如影随形的高中时代，考入了理想的大学，本以为就此可以摆脱这个魔障的他，却在迎新PK赛上再度看到了高仕德的身影，与此同时，周书逸一直暗恋的学姐也和他最好的朋友正式官宣。
嘉庆年间，皇上与皇后前往热河行宫避暑，并许诺归来后将于中秋佳节之季晋如妃（邓萃雯饰）为贵妃。然而此时宫外却疯传对如妃不利的传言，靠在宫中打听消息取利的撷芳殿奶娘湘菱（蔡少芬 饰）和公公马新满（韦家雄 饰）等人亦卷入其中。而这一切却是如妃的妹妹，也就是年少守寡的淳太妃（伍咏薇 饰）所为。如妃听之任之，只愿有朝一日能解开心结。并暗中笼络亲生孩儿五阿哥的奶娘湘菱和太医杨梓轩（曹永廉 饰）一齐照顾五阿哥，以保守钮祜禄一族的秘密。为讨淳太妃欢心，如妃要求南府在戏单上加唱一曲《牡丹亭》。手忙脚乱之际，公公马新满只得让在府中教戏的章和班代为上台。却不料京中名伶高流斐（陈豪 饰）一唱成名，宫中女子多芳心暗许，如一粒石子投入紫禁城平静的湖心。 本剧为《金枝欲孽》第二部，讲述另一个时空的后宫风云。
高级督察方承国（高雄）认识郭海华（莫家尧）、钟健（张家辉）及苏国利（龙炳基）三个感情甚笃之年青小伙子，方深感他们极具潜质，力劝加入自己精英队，接受严格训练。国利因资质限制，只能当军装警察，健因升职失败，而转投奸人组，藉恶行扶摇直上，华则成为警察精英队之头号黑马，与健渐生冲突，奈何二人又同时钟情于雪姬（袁洁仪）。其后，健更泥足深陷，走至罪恶之路，并杀死国利及雪姬，华伤心之余放弃一切友情，誓将健绳之于法，遂引起一场触目惊心的大争斗。
本剧由四宗发生在香港，扣人心弦的真实刑案，带出四个令人惊惧的罪行。藉由一队重案组的警探办案实录贯穿而成，包括耸人听闻的「屯门色魔强奸案」，喧腾一时的桃色纠纷「溶尸案」，使市民提心吊胆的「大圈仔军火械劫案」，及「淫业大厦扫黄行动」案件，生动地描绘各阶层犯罪的人性丑恶。而编剧为了加强剧中人物与案件的关连性，特别穿插男女主角CID张兆军（林嘉华）、女CID丁兰（蓝洁瑛）、重案组总督察方伟（陶大宇）、扫黄组女总督察刘婉仪（梁婉静）及聂志华（张国强）一段微妙的五角感情关系，交错编织成属于都市人性化的实录档案。
蒙拾忠(尹天照)与好友阿宽(刘锡贤)，自小就对武术着迷。更因机缘下，得许远(潘志文)授武，武艺大进。可惜此事却引起大地主何国财之子炳雄(邵传勇)不满。虽经远平息，却种下祸根。忠与雄先后参予应届武秀才选举，然雄因夺魁不遂，造谣令忠失去夺标机会，而雄却因此当上武秀才。富家女查秀雯(刘锦玲)因倾慕忠武艺才智，芳心暗许，却阴差阳错下嫁给雄。此事更令忠与雄斗争推至白热化。最后雯大义灭亲将雄杀死，而自己也因此难逃劫数。忠唯有寄情江湖事。
第二季故事將延續第一季女孩成長後的發展，劇情將以臺灣女子職業籃球賽及中華代表隊培訓出征為主軸，也因此對於演員籃球球技的要求更為嚴格，歡迎有大專甲一級或職業球隊經驗的球員報名海選，當然也歡迎對自己的球技有信心的女孩參加。屆時除將在台灣進行拍攝，更規劃移地至國外拍攝國際賽事劇情，重現為中華隊加油吶喊的熱血沸騰。
