Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。 （有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
一半是人，一半是猩猩的新英雄！猩猩人和恐怖分子展開激烈衝突！！恐怖組織「動物解放同盟（ALA）」攻擊生物科學研究所時，救了懷孕的黑猩猩，這隻黑猩猩產下了半人半猩猩的「猩猩人」查理。15年後，查理在人類雙親的扶養下，進入高中就讀，認識了人類女孩露西。另一方面，ALA的所作所為越來越激烈，甚至計畫要查理加入他們！
幼少期を貧民街で過ごし、生きるため必死に強さを求めてきたシノノメ・ハジメ。今はコマイ村の村付き冒険者として、悠々自適な日々を送っていた。ある日のクエストでダンジョンに潜ると、そこには最弱モンスターのスライムに食べられかけている少女が！少女の名前はリルイ。生きるために一人でダンジョンに踏み入っていた。親に捨てられ、行くあてがない彼女を放っておけないハジメは、リルイを村に連れ帰って一緒に暮らすことに!?不器用だけど世話焼きな独身冒険者とまっすぐで天真爛漫な少女が織りなす、笑いあり、ときどき涙あり（？）のドタバタ冒険ファンタジー、開幕！
