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　　书生宁采臣（萧正楠 饰）和二哥宁采君（梁烈唯 饰）进京赶考，却在半途上就花光了盘缠，即将面临露宿荒野的命运。无奈之下，两人来到了兰若寺，虽然传闻这里有猛鬼出没，但总比睡在路面被野兽叼走的好。入夜，女鬼聂小倩（薛家燕 饰）现身了，然而这个聂小倩肚大腰圆，和传闻中完全不一样。
　　聂小倩附在宁采臣的灯笼上跟着书生回了家，目睹了大哥宁彩民（麦长青 饰）的专横跋扈，发现宁采臣看似风平浪静的家族实际上矛盾重重。宁采臣有一个青梅竹马的恋人迎春娇（吴若希 饰），然而两人却常常因为生活中的诸多小事吵架拌嘴。无法坐视不管的聂小倩决定帮焦头烂额的宁采臣一把。

　　万剑山庄少主楚三郎，乃剑神楚仲庭之子，有妹楚湘儿及爱妻素芳。楚仲庭曾与独孤求败比武时将其推落山崖，后独孤求败有传人于峰前来报仇。楚仲庭又与杨正容有名利之仇，杨正容将素芳绑架，三郎赶去救援，被要挟斩断一臂，素芳为保全三郎而自杀。伤心的三郎离开山庄，渐与于峰成为朋友，又遇杨正容之妹杨咏雪和西夏公主宜妃，发展出另外一段感情。万剑山庄遭杨正容破坏，三郎帮助父亲重建山庄。最后众人又卷入小皇爷争夺王位的宫廷阴谋中，除了楚湘儿，所有人都牺牲了。。。

　　香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。
　　由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。

　　【故事大纲】
　　彭锦秋（欧阳震华饰）是个投机主义者，因一次出错，令他遇上生意失败，变成一无所有。他认识一位曾帮他走水货的青年连长胜（袁伟豪饰），长胜现为一支刚从丙组升为乙组的神奇球队内当兼职球员。锦秋由此得知球队赞助人程国柱（郭政鸿饰）正准备与国际品牌签约，并用这支球队做亚洲地区广告代言人。 锦秋认定这是千载难逢的翻身机会，于是假扮超级球迷，欺骗球队班主兼教练樊大伟（许绍雄饰）得以做球队营运总监。
　　其后因球队数名成员要应付会考而离队，于是锦秋提出只要他们继续留队，就有办法让大家会考取得好成绩，而国柱更找到著名补习天后严家励（邓萃雯饰）出手，为球队开设会考特训班。
　　水货王三宝拼A神
　　彭锦秋曾是每月赚数以百万计的水货王，但因太过心雄，错算之下令生意陷入困境，女友更挟带私逃，令锦秋变成一无所有。
　　偶然下，锦秋得知曾与他合作卖水货的连长胜，正于一支刚从丙组升上乙组的传奇球队当兼职球员，而球队的赞助人程国柱正准备与一新冒起的国际运动品牌签约，打算以球队作亚洲地区的广告代表，而球队的基谨三宝樊沛冬、陈力奔、林亦单更会力捧为代言人。锦秋认定此为翻身机会，于是扮成球迷令球队班主兼教练樊大伟让他成为球队的营运总监，而程国柱为了完成一纸合约，被迫跟锦秋合作，分享合约的利润。
　　岂料基谨三宝因要应付会考而准备离队，锦秋为令他们留下，便开设「特训班」，答允能令大家考取20分！同时国柱为了完成合约，替锦秋找来有A神之称、香港着名的私人补习导师严家励帮忙。
　　家励一直只收名校学生，还教出不少十A状元，有A神之称誉。但遇着一班完全不是读书料子的学生，也教她束手无策。而锦秋却威胁家励正就读名校中五的妹妹家乐提供名校试卷，务求令沛冬等人有所进步，因此家励与锦秋在教学上出现分歧。
　　智商与情商
　　锦秋后来发现大伟已殁的太太正是自己的母亲，而沛冬竟是自己同母异父的弟弟！锦秋以为当年母亲是为了钱而跟其父离婚，因此对大伟及沛冬经常加以刁难，相反大伟知道锦秋是亡妻之子后，视他如儿子般关心，只是锦秋不肯接受。为了不想影响沛冬，两个大男人决定将真相隐瞒。
　　锦秋无意中发现了已婚的国柱与家励的秘密恋情，于是乘机要胁两人以得到着数，但后来因锦秋的不小心，令他俩之恋情暴光。一向视家励为偶像的妹妹家明及家乐霎时间偶像幻灭，家明更离家出走，加上大哥大嫂责难、学生家长的追究，家励一时间也不知如何面对。
　　锦秋后来明白家励对国柱是真心的，并非如他所想的是为了钱，因而对家励由怜生爱，只是认定家励对国柱死心塌地，只好将这份感觉收起。其实家励也开始对锦秋产生好感，只是她同样认定锦秋不会喜欢自己，令这段感情不能作进一步发展。离开了国柱后，家励打算专心发展补习事业，与锦秋订下合作协议，希望令沛冬等人考得好成绩、擦靓招牌，然后大搅补习学校。两人不只开展了一段合作关系，还是一段互相关心扶持的关系。
　　受了家励及沛冬一班波牛影响，锦秋终于明白亲人朋友的宝贵，最后接受了大伟，建立起亦父亦友的关系，但正值会考前夕，二人不想影响沛冬，仍然坚持保守这个秘密。但在这时国柱竟令家励家人陷入财政困境、又令特训班成员相继惹上麻烦、甚至将锦秋跟沛冬的真正关系告诉沛冬，令特训班临考试前夕溃不成军！锦秋知道一切都是因国柱输不起、想家励返回身边而起，毅然跟国柱讲数，说可以放弃球队，也可以放弃翻身机会，只要国柱肯放家励及沛冬等人一马！ 到底国柱会否就此罢手？家励又会否屈服、为了家人及锦秋等回到国柱身边？沛冬是否接受锦秋是自己兄长的事实？众特训班成员又能否成功在会考中取得20分？

　　李恒基（任达华），自小丧父，生长于渔村，与少女采云（周秀兰）青梅竹马。偶然机会，结识富家子郭英年（林嘉华），彼此一见如故。在年的影响下，基决定离开故乡，到都市闯一番事业。入城之前，他与云成婚，以便母亲有云照料。基闯天下，就从经营的士业务开始。得年相助，生意蒸蒸日上，不久便成小富，即接家人到市区同住。惜好景不常，基与年合资地产生意失败，两人联袂到澳门散心，不期邂逅淑女章思薇（刘雪华），薇明艳照人，两人不觉倾心。而薇亦为基之俊逸潇洒风度所吸引。可怜年不知薇已对基芳心暗许，还在一厢情愿地暗恋着她。薇虽可人，但基用情专一，明知家有妻室，未敢再言爱意，唯有用理智压抑感情，以防卷入爱情的漩涡。六七年香港暴动，时局纷乱，二人看准时机，合作投资地产买卖，以低价购入楼房地产。暴动结束，楼价暴涨，他们乘时高价出售物业，短短几年间便跻身巨富行列。另一方面，薇与基共事多年，常籍故亲近，表露爱意。基终抵不住爱的诱惑，冲破理智的束缚，让自己爱上薇。年却因此心怀不满，与叔父合作暗中排斥基。基与薇相恋，内心却是矛盾重重，他终不忍抛弃发妻，毅然与薇分手。年见有机可乘，再度向薇展开追求，凭着一片诚意，终于赢得美人归。可是婚后不久，年疑薇与基藕断丝连，薇大为愤怒，提出离婚，适股市大泻，年损失惨重，乃只身离港，逃避一切。年走后，薇与基旧情复炽，云亦明丈夫所爱并非自己，欲成全二人。不料忽传年死讯，薇自疚不已，提出与基分手。基闻讯怅然。

　　明朝时期，为了寻找治国之道的太公天书，诚王爷和新科状元陆鼎文应明神宗之命，进入到太祖皇陵。皇陵需三把钥匙开启，二人各有一把，第三把则在皇陵之中。但这把钥匙也被尾随他们的日本忍者觊觎，而王爷也在这时翻脸袭击陆鼎文。幸好被路过的盗墓人出手相救，双方则为自己的小孩指腹为婚。
　　平安的度过十八年，陆鼎文的女儿陆剑萍长大了，会一身功夫。一次意外，救了扮作书生的东厂杀手水若寒（吴奇隆 饰），结识了路过的小和尚释小龙、释小福，又引起了微服出巡的二皇子朱玉龙的注意，众人结成了友谊。活泼开朗的剑萍得到了皇帝的喜爱，被指婚给二皇子。但剑萍心系水若寒，于是开始了一场逃婚之旅。而这场变动则牵扯出十八年前的那场阴谋，也让剑萍和若寒有情人终成眷属。

　　高中彼此看不顺眼的佳晨（杨谨华 饰）和青语（陈嘉桦 饰），长大后青语因缘际会成为佳晨的性治疗个案，两人该如何在咨商与治疗的过程中，找到性与爱的平衡呢？
　　美丽奔放型的佳晨，是一名具有护理、心理双证照的性治疗师。热爱运动的佳晨，也勇于性的探索，但熟稔性爱技巧的她，仍在情场受挫。佳晨和旧爱王纪华外型登对、性格合拍，却因性事卡关，王纪华某日更无预警人间蒸发 。
　　森林系风格的图书馆员青语，有外人羡慕的理想家庭和工作，却无法跟老公阿哲做爱。青语想找人倾诉，但她的图书馆好同事们自身难保，各自情感关系岌岌可危。
　　青语因缘际会成为佳晨的个案，在佳晨协助青语解开性问题的过程中，陆续有早泄菜市场扛坝子、未成年、SM直播主、老年女同志⋯⋯等个案找佳晨协助，其中还有固定电话咨询的神秘男子Z。
　　当青语逐渐勇于面对自我，和阿哲揭开过往伤疤，两人关系也来到临界点。而曾让佳晨伤心的王纪华，又重新走进佳晨的生命。懂性的佳晨，该如何学习爱？
　　两个性格迥异的女人，各自在探索性的疗程中，找到爱的救赎。