《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
故事发生在清朝末年，小福贵的爷爷是慈禧的御用厨师，深受其重用，小福贵从小就跟在爷爷身旁学习做菜的手艺，对爷爷十分敬仰。然而，爷爷却意外的被卷入了一出阴谋之中，被误当成下毒的罪魁祸首投入大牢秋后问斩。 为了还爷爷一个清白，查清事件的真相，小福贵毅然踏上了旅途，他要凭借自己的力量获得十八把金厨具，将洪家菜的风格发扬光大。斗志昂扬的小福贵自然吸引了幕后黑手老K的注意，亦成为了他想要除掉的对手。在冒险的途中，小福贵结识了想要刺杀慈禧太后为父母报仇的侠女小飞蝶，两人相互帮助相互扶持。最终，小福贵能否达成自己的心愿呢？
这个世界是存在异人的。刚刚接触异人世界的张楚岚，加入了管理异人的组织“哪都通”。为了解开爷爷和自身的秘密，张楚岚和冯宝宝一起前往龙虎山天师府参加异人界的盛会——罗天大醮，并与众多异人高手对战。
大林郡世家出身的林凡本是得到天骄令的绝世天才，却被未婚妻夺走武魂，沦为废物。当来历莫测的大魔寄生林凡身上，重新激活了他被废的武魂，使他成为稀有的双武魂体质，至此，林凡正式踏上崛起之路，从小小郡城，闯上诸天万界。
