女娲大神为了造福苍生而创造的神兵兽，在新一辑故事中再次面临挑战！黑暗势力元始天魔千方百计将神兵小将和神兽引领到神秘岛国——「山外山」；天魔希望利用神兵小将的纯洁和正义，获得「山外山」五大守护圣兽的信任，将其圣洁的力量交予问天和天晶兽；然后再指使大坏蛋——无敌盟主看准时机，从他们身上夺取圣兽的力量以解除封印，美丽的宇宙随即陷入被毁灭的恐慌之中。 在「山外山」旅程后，「神兽之乡」的旅程又拉开帷幕。问天等人来到神兽学校修炼，居然卷入了一场布偶战争之中——布偶王子想让所有神兽变成木偶！可是经过详细的调查，发现外表邪恶来自于布偶乐园的布偶王子，竟是宽容与纯真的兄弟！幕后主使的坏蛋三兄弟和盖世太保（把宽容等人的三兄弟分散的邪恶神兽）在布偶王子背叛他们后趁机绑架布偶王子！他们一行人又怎么克服此次困难呢？
同盟大军攻入神域结晶山，直面苏醒的神族之主“天”，各族善战的勇士轮番与天交手。在“天”强大的压迫感下，逆天而行回忆起先辈无数次失败的反抗战争，以及永恒之夜曾预言，他这次与神族交战的结果不再是必败，而是难料，因为这一次，同盟军中有一位特别的“命运之子”，他就是武庚。
28世纪前夕，地球人口剧增，生存资源极度匮乏，在人类星际移民初步阶段，为抢夺地外资源，各国掀起新的军备竞赛。 宇宙最强军事商业联盟大夏联盟，属下三大最强舰队：红鳞、昆仑、三足乌舰队，此外还有几千个中小型舰队，其中舰队的主战力为仙女武装适用者。 靠这些舰队开拓收集地外资源，才供养得起六百亿人的社会。 但同时人类社会内部资源争夺战也从未停止。 故事中的人类社会与现实世界区分不大，虽有高端科技，但平民享受不到。 男主慕斯云带领仙女铁姬们征战星域，宏大的故事徐徐展开。
在这一季里，超级飞侠们都升级成为了愿望守护者 。 在新的一季中，超级飞侠们将摇身一变成为勇敢的愿望守护者，他们不仅拥有酷炫的新装备，同时每个超级飞侠都拥有不同属性的能量球。 在遇到困难需要帮助时，呼叫愿望守护者，启动愿望守护者程序，超级飞侠会带着不同的能量球，启动能量球，加入愿望守护，共同解决面临的阻碍与困难。 愿望能量球可以给超级飞侠和孩子们相同的强大力量去武装来完成伟大的事情，每个愿望能量球蕴含来自于我们身边的自然世界中不同的超强能量，它们是旋风、水波、大地、钢铁、动物、闪电、火焰等能量。 愿望守护者的任务是为小朋友们排忧解难帮助小朋友们实现他们的美好愿望。
第12季讲述了白月初被涂山雅雅带到危险的“圈外”发动了她的独门绝技镜花缘，唤醒了白月初失落的记忆，揭开了东方月初当年是如何在道盟推动人和妖和平的背后故事。
主人公林初本是身世显赫的富家之子，但其父母却突然无故失踪，家族公司也被其父亲的前助理所强占，就连他从小住到大的别墅也被突然出现的所谓债主所霸占，于是他只能暂时去到位于郊区的林家老宅中居住。然而，来到林家老宅的林初，却奇异地发现老宅院落中的一座盆景中突然传来神秘的人声，接着他意外进入到了盆景之中，发现了被封印于盆景内的仙山以及仙人——玄清祖师。玄清祖师发觉林初身上有激发封印的能力，于是决定收其为徒，传授其修炼之法，以帮助自己冲破封印。与此同时，玄清祖师为了报答林初，也答应教授其一些技能，以助其调查其父母失踪事件背后的真相。林初同意了天玄祖师的要求，自此踏上了修炼之路！
胡八一等人受陈教授委托，前往南海珊瑚庙岛，雇阮黑师徒乘三叉戟号赴珊瑚螺旋寻秦王照骨镜。历险后坠入归墟，于沉船内得古镜并知阮黑乃多玲仇人。脱险后休整时，突现神秘人持棍逼近守夜的明叔。
当潘百达的黑猫士兵从白猫女王处将其解救之后，潘百达重获暗原能。一心想要报复宝狄并征服光环系的他，为以防万一，将白猫女王软禁起来，将其视为自己最后的底牌。为了能彻底摆脱宝狄及其好友，潘百达设局使宝狄他们来到自己全新建造的黑猫海盗飞船上并用噬梦枪吸光了他们所有的原能。同时潘百达的邪恶计划依旧不停止，但宝狄与好友为保卫星球的和平与安全，重新学习功夫并发挥智慧、团结、协作精神，最终解开梦想实验室的神秘力量，获得与梦想大盗们抗战武器并进而战胜梦想大盗，守护了星球的和平与安全。然而，宝狄与好友仍旧需要找到白猫女王，但只有潘百达一个人知道白猫女王的真正下落。
