《熊出没之探险日记2》则延续了上一季的剧情，除了保留大家最爱的女性角色赵琳外，还加入了人类大反派“天才威”等新角色，使剧集更具矛盾冲突。
主要讲述了平衡的九重天崩陷为九大天锥降临世界各地，无数人类被吸入其中。九重天的守护神被邪恶力量侵蚀控制，肆虐地球。为解除危机，神兽战队艰难与之抗争，希望得到希望元神的认可，历经奇幻冒险和重重考验，打破黑暗军团的阴谋，最终修复九重天，拯救了人类和地球。
妲己是一只可爱的小狐妖，因受女蜗娘娘召唤，受命来到纣王身边。然而妲己感动于纣王的真心相待，在三千年后来到现代，找寻纣王的后代报恩。小说家君亦辰是纣王的一个后代，他从小到大经常受到噩梦的困扰，妲己化名灵雨，成为君亦辰的室友，时刻保护着君亦辰，帮他赶走那些纠缠的噩梦，并帮助君亦辰成为更好的自己。
随着城市发展，麦兜住的旧区大脚咀也卷入了拆迁漩涡。不过无忧无虑的麦兜从来不会去考虑拆迁对他意味着什么，春田花花幼稚园又开学了。为了适应激烈的社会竞争，春天花花幼稚园也加入很多令人捧腹的新课程：耍赖、诈死等等。麦太在樟木头买了块墓地，为了日后能有个安身之所。时光飞逝，一切又回到了从前，回到了麦兜的父亲菠萝油王子的时代。王子跟随着师傅出行，不料遇到了一连串怪事，王子不再是王子，有人变成了他的样子回去当了王子。浑浑噩噩的菠萝油认识了阿莲——以后的麦太，过着平平凡凡、庸庸碌碌的生活，只是在夜里，菠萝油偶然会想起他的王国、眼里会呛着泪花。阿莲怀孕了，菠萝油重遇了以前送薄饼的龟仔、一起出行的师傅，他们决定回去复国了。于是菠萝油告别了阿莲，告诉他如果明天听不到一个王子复国的新闻，那就永远忘了他……
公元2200年，碳基星球再次爆发“碳灾”，“碳魔”卷土重来，使得星球生灵涂炭。为了拯救家园，核精灵队长秦羽鹭与何小光重组核精灵战队，最终，他们将“碳魔”重新净化。碳基星球恢复往日安宁，何小光和秦羽鹭也继续他们的环保事业。
明日岛虽然鼓励创新，但新技术存在着很高的风险，同时明日岛也面临着很多自然灾害。面对各种危机，由代表科学（S）的赛拉斯、技术（T）的甜甜、工程（E）的爱迪、艺术（A）的阿力、数学（M）的曼妮莎和运动（！）的小金组成的超学先锋就会挺身而出，赶往救援的第一线。在塞拉斯的指挥下，队员们分工合作，利用各种科学知识解决各种麻烦。在处理危机的过程中，队员们可能会产生观点和行动上的分歧，但最后大家总能坚持团结合作精神，并找到解决问题的最佳方案。而人工智能百变校巴作为超学先锋的重要成员，也会变身各种工程车，助力救援行动。
故事以猫咪的视角瞥见激烈的战场、历史的一瞬、动人的亲情、未来的幻想；通过水墨、二维、三维、定格等多样化形式呈现极具东方韵味的中式美学；十个光怪陆离的有关于猫咪的神秘画卷徐徐展开。
