《廉政英雄》叙述警匪对峙的情节，该剧以检察官侦破社会重大案件的经过为主。法务部目前已搜集67个案件、27个检察官故事，其中有多个曾轰动一时的真实重大刑案。
豪门丘氏素来以重男轻女闻名，众所周知丘家产业会由第三代唯一的男孙丘智斌（罗子溢 饰）继承。丘老太爷因中风昏迷，一纸由其亲笔签署的委托书震惊众人：他竟然委托长孙女丘皓儿（佘诗曼 饰）代他执行集团主席一职。但这份委托书并没有把丘皓儿送往权力的高峰，而是推入了风暴的中心。
番禺一带数十年前马贼猖狂，马贼十虎虽被剿灭，但其抢掠的金银财宝却没有追回，当地埋藏有宝藏的说法一直流传了下来。这天，香港某拍卖行公告即将拍卖当年圆明园大水法中的十二兽铜头之一的狗铜头，成了全城热点；与此同时，坐落在番禺的全国最大的动物园扩建中竟意外掘出狗铜头！一时间真假狗铜头引起了轩然大波。大学教授招学文（胡枫 饰）前往番禺鉴证后，发现番禺出土的的确是真正的狗铜头，原来宝藏的传说果真空穴来风，其他的兽铜头也极有可能就埋在附近！ 香港富商何正雄一直致力于保护国家文物，得知此消息后出钱资助学文找寻其他失踪的兽铜头，他的孙子峻峰（陈浩民 饰）天资聪颖、精通天文地理而且极具侦探头脑，爷爷希望他能留在大陆继承自己的事业，而母亲却希望他回港发展。俊峰为了避免得罪任何一方，暂时先和好友建星（唐文龙 饰）来到了动物园工作，一班年轻人在工作生出了很多笑话，建星更爱上了动物园的杂技演员路丹（钟嘉欣 饰）。正雄要求俊峰协助招学文寻找其他失踪的兽铜头，于是俊峰开始了他的寻宝之旅。
沈思晨（叶璇 饰）是一个奋发向上的预备律师，却因为一件小事导致无法在法律界立足。得到师傅介绍进入保险业大公司MIG工作，与同事韩志坚（黄浩然 饰）擦出爱火花，好胜的她也凭借自己的努力证明给上司余紫珊（张文慈 饰）看自己的实力。这时大老板程万豪（谢贤 饰）的大儿子程乐天从美国回来，对思晨一见钟情。韩志坚为了自己的前途，放弃思晨。伤心的思晨投入了乐天的怀抱，直至知道自己原来是程万豪的私生女，唯有与乐天分手。 韩志坚无穷的欲望开始爆发，与程乐儿结婚并夺取MIG的控制权，更嫁祸给拍档毕城辉，让他替自己背黑锅。此事被乐天发现后，韩志坚更不惜杀人灭口。程万豪被连串打击弄至中风，韩志坚的势头无法可挡，坚韧的思晨决定为父亲报仇，从志坚手中夺回失去的一切，无论是MIG，还是正义和公道。
杨仲德（郑少秋 饰）年逾四十，和妻子黄爱莲（陈秀雯 饰）结婚十七载，两人共同抚养着一双儿女，生活可谓是其乐融融。杨仲德为公司勤勤恳恳的工作了几十年，作为公司里的资深员工，此时本该放松一下，好好享受享受自己用早年的辛苦奋斗换来的悠闲时光，哪知道在这个节骨眼上，公司发生了巨大的人事变动，导致他地位不稳，时时都有遭到解雇的危险。 职场里遭遇了滑铁卢，杨仲德的婚姻也亮起了红灯。因为杨仲德总是将大部分的经历花费在工作上，导致他忽略了黄爱莲的感受，一怒之下，黄爱莲提出了要和丈夫分居。之后，黄爱莲在保险公司找到了一份工作，业务能力出众的她很快就引起了上司的注意，后者对黄爱莲展开了热烈的追求。
朱蓝蓝（万绮雯 饰）本是无忧无虑的大学生，却因为父亲的突然辞世而不得不接手父亲所经营的产业，而朱蓝蓝的父亲的真实身份，竟是黑帮老大。就这样，朱蓝蓝在被迫之中“子承父业”，在一次偶然中，朱蓝蓝邂逅了名为温文杰（吕颂贤 饰）的男子，两人在相处之中逐渐产生了感情，坠入了爱河之中。 可是，温文杰是一名督查，当他发现了朱蓝蓝的真实身份之后，怯懦的他选择了离开。之后，温文杰和检察官纪敏（刘锦玲 饰）走到了一起，可实际上，温文杰最爱的依然是朱蓝蓝。程汉阳（林祖辉 饰）是朱蓝蓝父亲的手下，一直爱慕着老大的女儿，眼看着朱蓝蓝和温文杰一起甜蜜的样子，他起了杀心。
