東京奪還編、開戦。 謎の少年・スティグマ率いる“アマラリルク”との戦いを経て少し成長したシャイ。 日本に戻ってきた彼女が出会ったのは、忍者の里から家出中という少女・天王寺曖だった。 彼女は“アマラリルク”の一員を追って里を出てきたとシャイに告げる。 そんな中、東京が突如黒球に包まれて消失する事件が発生。ヒーローたちは東京を救出するため出動するーー。
一半是人，一半是猩猩的新英雄！猩猩人和恐怖分子展開激烈衝突！！恐怖組織「動物解放同盟（ALA）」攻擊生物科學研究所時，救了懷孕的黑猩猩，這隻黑猩猩產下了半人半猩猩的「猩猩人」查理。15年後，查理在人類雙親的扶養下，進入高中就讀，認識了人類女孩露西。另一方面，ALA的所作所為越來越激烈，甚至計畫要查理加入他們！
