漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件的绝密数据。日本警方和FBI探员赤井秀一（池田秀一 配音）旋即与间谍展开追逐。最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天，柯南（高山南 配音）和伙伴们来到东都水族馆观光，结果发现一名受伤的美丽女子（天海佑希 配音）。该女子处于失忆状态，身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她恢复记忆，当他们七嘴八舌之际，藏在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德（小山茉美 配音）冷冷地注视着这一切。在相处过程中，女子非凡的身手和奇怪的言行举止让灰原哀（林原惠美 配音）对其真实身份产生怀疑。刚刚还一派祥和的水族馆，沉浸在快乐之中的人们，根本会想到随着那名神秘女子技艺的恢复，自己马上就要被卷入黑暗组织的杀戮和混乱之中……

目暮警官、小兰的母亲妃英里、阿笠博士接连遭到不明身份之人的暗算。柯南追踪伤害阿笠博士的凶手，他根据几起案件现场留下的线索发现凶手按照扑克牌的顺序行凶，而且遇害者皆与毛利小五郎有关。目暮提供的线索初步揭开事情的真相，原来毛利当年任职警察的时候曾经逮捕犯下杀人罪的赌徒村上丈，当年也更因这一事件导致毛利离职以及婚姻变故。十年后，服刑期满的村上丈出狱，开始按照扑克牌的顺序向毛利身边之人展开报复。在得知原委后，毛利努力寻找身边与数字有关的人。在这一过程中，各种惊险场面接连出现。而柯南也对案件的真相产生疑惑……

小兰的朋友原子家铃木财团准备展出他们家珍藏的沙皇尼古拉二世家的宝物——回忆之卵，回忆之卵里收藏了沙皇尼古拉二世一家的珍贵照片，由此特别珍贵。岂料在展出之前，却收到了怪盗基德的通知函，上面用迷语的方式列明他盗宝的时间。原子找到小兰的爸爸名侦探毛利小五郎帮忙，当然，真正的幕后高手柯南也会和小兰一起前来。柯南遇到了同为侦探的服部平次，两人决定一起联手解开怪盗基德之谜！

延续TV版的主线剧情，继续讲述从战场回来的少女薇尔莉特·伊芙加登为了理解“爱”的含义而从事为有需要的人们写信传情的工作。薇妹一直挂念的少佐的下落大概率会在这部剧场版中讲述。

在某国立大学念书的花（宫崎葵 配音）与偶然来校旁听的男子（大泽隆夫 配音）坠入爱河，即使对方是一名狼人，她也义无反顾投入对方怀抱。此后的岁月里，花先后生下女儿小雪和儿子小雨。谁知厄运突然降临，温柔的丈夫撒手人寰。柔弱而坚强的花竭尽全力抚养两个孩子长大，吃穿用度，衣食住行 ，无一不牵扯她的心思。而子女狼人的身份也迫使他们离开繁华大都市，前往宁静的山野乡村求生。他们在一栋古旧的民房内落脚，小雪顽劣张扬，小雨纤细内敛，姐弟俩以狼的身姿穿行于深山密林，享受着前所未有的快乐与自由。在此期间，以韭崎爷爷（菅原文太 配音）为代表的村民也给花一家带来无微不至的关怀。小雪和小雨渐渐长大，他们也终于迎来决定身份和前路的重要时刻……本片荣获第34届横滨电影节评委会特别奖和第36届日本电影学院奖最佳动画电影奖。

近日里，大雄（大原惠 配音）迷上了一部名为《银河防卫队》的电视剧，剧中英雄们对抗邪恶势力的英勇形象在大雄的脑海里留下了深深的印记，希望自己有朝一日也能够如同这些英雄般惩恶扬善。某日，大雄来到小夫（关智一 配音）家，发现他竟然弄来了剧中英雄的戏服，还找来了摄影机，打算同胖虎（木村昂 配音）、静香（嘉数由美 配音）一起拍摄属于他们自己的英雄电视剧，然而，让他们没有想到的是，他们玩得不亦乐乎的景象，竟然被一只名为艾伦（井上麻里奈 配音）的外星人尽收眼底，艾伦的所居住的星球遭到了宇宙海盗的侵略，来到地球搬救兵的他，将拯救母星的期望，托付在了眼前这些仿佛能够呼风唤雨的“英雄”们身上。

宁静祥和的见泷原市，全靠魔法少女鹿目圆（悠木碧 配音）、美树沙耶香（喜多村英梨 配音）、巴麻美（水桥香织 配音）以及佐仓杏子（野中蓝 配音）守护，一次次击败了人类灵魂深处产生的“梦魇”，全力包围着她们最为珍惜的城市、家人和朋友。这一天，美丽女孩晓美焰（斋藤千和 配音）作为转校生来到小圆的班级，小圆她们意外发现，晓美竟然也是魔法少女中的一员。在此之后，五位魔法少女同心携手，解决了梦魇接二连三带来的危机。她们的友情笃深，相处分外融洽，但是晓美却对周遭无时不在的违和感隐隐感到不安。某天，她要求杏子和她去风见野一探究竟，然而两人大费周章，竟然怎么也无法走出见泷原。晓美终于意识到，她和朋友们似乎被某人封在了魔女的结界中。无休止的轮回以及爱欲滋生的幻象，让少女们陷入无休止的混乱深渊……