神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
这是一场在瑰丽奇幻的思量岛上发生的关于阴谋与救赎的故事。从主角镜玄探寻父母逝世真相的事件切入，一步步揭开思量岛上的秘密往事，同时展现了一群年轻人为了各自的人生目标努力蜕变成长、挣脱枷锁的故事。
为了打倒那个害他家破人亡的叔叔，少年玄天踏上了剑道的修行。从懵懂少年到一代剑神，曾经认为的强者现在已如微尘。一指诛神皆寂灭，我以我剑逆苍穹！而他的征途，便是那无尽的苍穹！
出身豪门的叶子秋，一直身陷泥泞她善良隐忍，为了替妹妹嫁给一个傻子，临死的她被强行植入新的心脏，从此落入了严孟君的魔爪！这个欺骗全天下人的男人，不仅仅聪明绝顶，还是一个带着面具的恶魔头头！他说了，不再要她的心脏。但是叶子秋万万没有想到……
五百年前，龙（王力宏 配音）突然失踪了，凤（章子怡 配音）暂时顶替龙的职位，玉帝下旨，若三天内找不到龙，生肖就要重选。生肖官们集体出动寻找龙，发现人间女孩小珍竟然握有一枚龙鳞，可能是找到龙的关键线索。对生肖岗位蠢蠢欲动的蟑螂暗中破坏，寻找龙的旅途上充满艰难险阻，个性迥异的生肖官们共同承担，欢乐以对。为了保住世界安稳和挽救面临破裂的家庭，小珍和生肖动物一起，展开了一段奇妙而又温暖的冒险之旅，最终凭借着智慧与勇气，找到了失踪的龙，恢复了十二生肖建立的天地秩序。本片讲述了龙神秘失踪，十一生肖官凭借一丝线索寻找龙，以阻止生肖重选天下大乱的冒险故事。
海婴（伊一 配音）从小就失去了父母，在一个临海的小渔村里过着孤苦伶仃的生活。因为孤身一人，海婴常常受到其他孩子们的欺负，然而，善良的海婴只是选择默默忍耐。海婴觉得，如果自己能够找到母亲，那么她就能够获得朋友们的认可，就这样，小小的女孩踏上了漫漫寻母之旅。 哪知道刚刚出发没多久，海婴就被海盗绑架了，众人千里迢迢来到了仙女城，又在意外之中解除了封印使得邪恶的烈焰魔王重现世间。强大的烈焰魔王企图毁灭整个世界，唯有水晶之剑才能够将其降服。通过和妈妈的心灵感情，海婴最终寻得了宝物，她能否凭借自己的力量战胜邪恶，保护世界的和平呢？
否否是小镇上一个普通的土时髦青年，他默默无闻，做着卑微的工作，是一个极易被人忽视的人。看似普通的否否却有着另外一重身份，当有人在行为上越过了他的道德底线，他会变身成禽兽超人，打禽兽不如的人。
在一次凤凰城赛车大奖赛期间，消失二十年的东方巨兽武罗再度现身，给城市带来了巨大的灾难和恐慌。武罗在袭击中受伤，躲进山洞休养。年轻赛车天才张小蚤，因过于自信，带领四人小队冒险偷袭受伤的武罗，反而引发了更严重的危机。面对打击，张小蚤在武器专家赖道张的帮助与激励下，不仅提升了战斗力，也找回了失去的自信。在武罗即将摧毁凤凰城的生死时刻，张小蚤挺身而出，力挽狂澜，成功拯救了全城，最终成为新一代的城市英雄。
