故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。
一半是人，一半是猩猩的新英雄！猩猩人和恐怖分子展開激烈衝突！！恐怖組織「動物解放同盟（ALA）」攻擊生物科學研究所時，救了懷孕的黑猩猩，這隻黑猩猩產下了半人半猩猩的「猩猩人」查理。15年後，查理在人類雙親的扶養下，進入高中就讀，認識了人類女孩露西。另一方面，ALA的所作所為越來越激烈，甚至計畫要查理加入他們！
内详
