故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。
操纵异形之力的吸血鬼侦探阿尔涅·尼塔特。热爱吸血鬼的名门贵族千金琳·莱茵维斯。本应生活在永无交错的世界中的二人，为解开被血染的谜题而联手。被黑夜笼罩的穷途末路之际，琳迷失在异形者居住的迷之街道·吕根贝尔格。在那里与被称作“最强”吸血鬼阿尔涅的相遇，使少女所生活的世界发生了翻天覆覆地的变化。诡谲怪诞的事件簿，开幕——
